Los mejores programas de contabilidad para pequeñas empresas en 2026

El auge de las herramientas de IA es una gran ayuda para simplificar las tareas de contabilidad para tu ecommerce y ahorrar un tiempo valioso.

“Desde una perspectiva contable, creo que la gestión de las cuentas en realidad se está volviendo más fácil para las pequeñas empresas”, dice Marc Van den Dobbelsteen, director de contabilidad de Shopify. “Muchos de los sistemas que se están desarrollando ahora integran funciones de IA o ciertos niveles de automatización, lo que te ahorra mucho tiempo en el backend”.

A continuación, descubre los mejores programas de contabilidad para pequeñas empresas en 2026, incluyendo los pros y contras de cada producto, para ayudarte a decidir cuál es el mejor para tu negocio. 

Los 9 mejores programas de contabilidad para pequeñas empresas

Tanto si acabas de empezar como autónomo en solitario como si diriges un negocio online en pleno crecimiento, el software ideal para tu pequeño negocio está ahí fuera. Echa un vistazo a estos nueve programas de contabilidad que te ayudarán a organizar las finanzas de tu ecommerce:

1. QuickBooks Online

Quizás ya hayas oído hablar de uno de los mejores programas de contabilidad general: QuickBooks. Este consolidado programa de contabilidad de partida doble es utilizado por más de 1,4 millones de empresas.

Hoy en día, QuickBooks cuenta con una versión en la nube llamada QuickBooks Online, que incorpora funciones de IA. (QuickBooks dejó de comercializar su producto estándar de escritorio en mayo de 2025, dejando a QuickBooks Enterprise como la única opción de escritorio). 

Las herramientas de IA en QuickBooks Online incluyen la generación de facturas, recomendaciones de pago e informes de gastos automatizados: puedes enviar una foto o un email de un gasto y el sistema lo registra automáticamente.

El programa de contabilidad en la nube de QuickBooks ofrece una interfaz sencilla con herramientas esenciales, como el seguimiento del flujo de caja y la automatización de la contabilidad. Además, permite conectar más de 800 aplicaciones, desde herramientas de control horario y nóminas hasta conectores de marketplaces.

Para acceder a servicios como transacciones multidivisa o adjuntar horas facturables a proyectos, necesitarás un plan de nivel superior. Las herramientas de inventario están limitadas a los paquetes Plus y Advanced y es posible automatizar tus informes de IVA con un coste adicional. 

QuickBooks se integra con cientos de aplicaciones de terceros, incluyendo Shopify. Al instalar la aplicación Shopify Connector, puedes importar automáticamente los pedidos y pagos de tu tienda online a QuickBooks.

Pros:

• Herramientas de IA para organización de gastos.
• Integración gratuita con Shopify.
• Aplicación móvil.
• Facturas e informes de gastos generados automáticamente.
• Escaneo de recibos con IA.
• Informes de contabilidad de partida doble.
• Integración con aplicaciones de terceros.
• Amplia disponibilidad de tutoriales, expertos y recursos online de QuickBooks.

Contras:

• Los planes mensuales son más caros que en otros programas de contabilidad. 
• Cada plan permite solo un número limitado de usuarios de cuenta.
• Las funciones avanzadas requieren una curva de aprendizaje.

Disponible para: macOS, Windows, aplicación web (en la nube).

Aplicación móvil: Android, iOS.

Precio: los planes comienzan en 19 € al mes con un descuento de 19 € los primeros tres meses. 

Duración de la prueba gratuita: 30 días.

Aplicación o integración de Shopify: sí.

2. Wave

Wave (en inglés) es uno de los mejores programas de contabilidad que ofrece una versión gratuita para los negocios con necesidades contables sencillas. El plan inicial gratuito incluye las funciones básicas necesarias para gestionar las finanzas de tu pequeña empresa: facturas y registros ilimitados, pagos online y facturas profesionales.

Al pasar al plan de pago, se elimina la marca de agua de Wave y se desbloquean funciones de automatización, como la importación automática de transacciones bancarias y la categorización automática. Wave se conecta con Shopify a través de Zapier.

Pros:

• Uso gratuito.
• Informes de contabilidad de partida doble. 
• Usuarios ilimitados con control sobre los permisos de usuario.
• Creación ilimitada de facturas con plantillas personalizables.
• Aplicación de contabilidad móvil para facturación.

Contras:

• No hay atención telefónica; el chat en vivo solo está disponible para los complementos de pago (Wave Payments y Payroll).
• No hay opciones avanzadas de contabilidad.
• Funciones como la captura ilimitada de recibos digitales solo están disponibles en el plan Pro.
• No hay estimaciones de impuestos trimestrales para España. 

Disponible para: aplicación web (en la nube).

Aplicación móvil: Android, iOS.

Precio: el plan inicial es gratuito y el plan Pro cuesta 190 $ al año (160 €/año aprox.)

Duración de la prueba gratuita: N/A.

Aplicación o integración de Shopify: se puede conectar a través de Zapier (información en inglés). 

3. Zoho Books

Zoho Books ofrece funciones de contabilidad esenciales, como la generación de facturas y el seguimiento de gastos con categorización integrada. Resulta una opción atractiva para pequeños negocios con presupuestos ajustados, ya que permite gestionar colaboradores externos y compartir el acceso con un asesor.

Además, es uno de los programas de contabilidad que incluye funciones de gestión de inventario a través de su herramienta Zoho Inventory, disponible mediante una suscripción adicional. 

Zoho Books ofrece una integración con Shopify a través de aplicaciones como Integrates with Zoho Books y cuenta con la asistente de IA Zia, que automatiza tareas como la gestión de documentos y hojas de cálculo. 

Pros:

• Más asequible que programas de contabilidad similares.
• Capacidades multidivisa en el plan de nivel superior.
• Integración con Shopify a través de aplicaciones. 
• Aplicación móvil.
• Facturas e informes de gastos generados automáticamente.
• Escaneo de recibos.

Contras:

• Debes pagar por funciones avanzadas como el seguimiento de proyectos y la automatización de flujos de trabajo.
• No tiene la capacidad de rastrear activos fijos como bienes raíces, terrenos o equipos.
• Número limitado de usuarios en cada nivel.

Disponible para: aplicación web (en la nube).

Aplicación móvil: Android e iOS.

Precio: planes desde 12 $/mes (10 €/mes aprox.).

Duración de la prueba gratuita: 14 días.

Aplicación o integración de Shopify: sí.

4. FreshBooks

FreshBooks es uno de los programas de contabilidad conocido por su facilidad de uso, en el que confían más de 30 millones de empresas. Funciones como los anticipos (retainers) y el control horario lo convierten en una buena opción para trabajadores autónomos.

El plan más económico cubre la facturación y la contabilidad básica, como el seguimiento de ingresos y gastos, pero presenta limitaciones importantes: solo permite cinco clientes facturables y conlleva cuotas adicionales por colaborador.

Los planes de mayor precio del programa añaden automatizaciones, como correos electrónicos programados (por ejemplo, recordatorios de pago y confirmaciones) y proyecciones de beneficios. Sin embargo, el software no ofrece herramientas de IA.

Conectar FreshBooks con Shopify requiere una aplicación de terceros como Zapier (información en inglés), que automatiza la importación de los datos de tu tienda online en FreshBooks.

Pros:

• Atención al cliente altamente valorada.
• Funciones de seguimiento de tiempo y kilometraje incluidas en todos los planes.
• Amplia gama de funciones de contabilidad en la nube.
• Integración con Shopify vía Zapier.
• Aplicación móvil.
• Facturas e informes de gastos generados automáticamente.
• Gestión de inventario.
• Escaneo de recibos.

Contras:

• Número limitado de usuarios y clientes.
• Los planes más económicos no ofrecen conciliación bancaria ni acceso a gestores. 
• No hay estimaciones automáticas de impuestos trimestrales para España; se pueden generar de forma manual. 
• No hay herramientas de IA.

Disponible para: aplicación web (en la nube).

Aplicación móvil: Android, iOS.

Precio: los planes empiezan desde 10 $/mes (8,50 €/mes aprox.). 

Duración de la prueba gratuita: 30 días

Aplicación o integración de Shopify: sí

5. Sage 50

Sage 50 tiene un precio más elevado que muchos de sus competidores, pero lo compensa con funciones avanzadas. Estas van desde previsiones financieras para escenarios hipotéticos hasta herramientas de costes por proyectos que comparan los gastos frente a los ingresos en tiempo real.

El software también se integra con la plataforma de recursos humanos de Sage para gestionar las deducciones de nómina y otros costes laborales, lo que lo convierte en una opción ideal para pequeñas empresas con necesidades crecientes de RR. HH. Además, la IA de Sage 50 ayuda a detectar errores, automatizar los cierres de mes y el envío de facturas.

A diferencia de otros programas de contabilidad internacionales, Sage 50 cuenta con una versión específica para el mercado español. Está totalmente adaptado al Plan General Contable y genera automáticamente las estimaciones y modelos oficiales para la AEAT (IVA, IRPF, etc.). Además, ya está preparado para cumplir con los requisitos técnicos de la Ley Crea y Crece y el sistema Verifactu.

La integración con Shopify requiere una aplicación de terceros como Zapier (información en inglés).

Pros:

• Muchas opciones de personalización para adaptarse a tus necesidades.
• Integración con Microsoft 365.
• Herramientas de IA.
• Importación automática de transacciones bancarias.
• Aplicación móvil.
• Facturas e informes de gastos generados automáticamente.
• Gestión de inventario.
• Incluye Plan General Contable, modelos oficiales de la AEAT y cumplimiento de las leyes Crea y Crece y Verifactu.

Contras:

• Interfaz de usuario poco intuitiva.
• El seguimiento del tiempo no está incluido en ninguno de sus planes. 
• Más caro que otras opciones.

Disponible para: aplicación web (en la nube), integración con Microsoft 365.

Aplicación móvil: Android, iOS.

Precio: los planes comienzan en 45 €/mes.

Duración de la prueba gratuita: Ninguna, pero puedes obtener una demostración en vivo del programa.

Aplicación o integración de Shopify: sí, vía Zapier. 

6. Xero

Xero (en inglés) es uno de los programas de contabilidad diseñado para pequeñas empresas y autónomos. La plataforma ofrece acceso gratuito a especialistas de onboarding durante los primeros 90 días, facilitando la curva de aprendizaje para principiantes en contabilidad.

Más allá de lo básico, Xero cuenta con un asistente digital impulsado por IA generativa llamado JAX, que se encarga de tareas como generar facturas y editar presupuestos.

La integración con Shopify se hace a través de la aplicación Xero, que cuesta 13 $ al mes (11 €/mes aprox.) y sincroniza automáticamente un resumen diario de tus ventas al final de cada día. 

Pros:

• Usuarios ilimitados para todos los planes.
• Puede gestionar activos fijos.
• Seguimiento efectivo de proyectos.
• Herramientas de IA.
• Integración con Shopify.
• Aplicación móvil.
• Facturas generadas automáticamente.
• Gestión de inventario.
• Escaneo de recibos.

Contras:

• No hay recordatorios automáticos para facturas impagadas. 
• No hay atención telefónica.
• No hay estimaciones de impuestos trimestrales para España.

Disponible para: aplicación web (en la nube).

Aplicación móvil: Android, iOS.

Precio: los planes comienzan en 12 $/mes (10 €/mes aprox.).

Duración de la prueba gratuita: 30 días.

Aplicación o integración de Shopify: Sí, tiene integraciones de terceros disponibles.

7. GnuCash

A diferencia del resto de programas de contabilidad, GnuCash es un software de código abierto completamente gratuito. Es un producto de escritorio, por lo que tendrás que descargarlo en tu ordenador y no podrás acceder a él de forma remota (en la nube).

Si tienes conocimientos técnicos, puedes personalizar el código de GnuCash para adaptarlo a tus necesidades. Sin embargo, su interfaz resulta anticuada, carece de automatización y herramientas de IA, y no se integra con Shopify.

Pros:

• Completamente gratuito.
• Código abierto.
• Programa de escritorio descargable.
• Personalización avanzada con codificación.

Contras:

• Interfaz anticuada.
• Sin automatización ni herramientas de IA.
• No se integra con Shopify.
• No hay acceso remoto.

Disponible para: escritorio (descargable).

Aplicación móvil: no.

Precio: gratis.

Duración de la prueba gratuita: N/A.

Aplicación o integración de Shopify: no.

8. NetSuite

NetSuite Cloud Accounting (en inglés) de Oracle es un programa de contabilidad de nivel empresarial que se integra con otros productos NetSuite de Oracle. Estos incluyen gestión de clientes, gestión de inventario y pedidos, y RR. HH., lo que lo convierte en una buena opción para grandes empresas que buscan una pila tecnológica unificada.

Ofrece herramientas de informes avanzados para ayudar a las grandes corporaciones a analizar el flujo de caja. También rastrea activos fijos (depreciaciones y amortizaciones), gestiona impuestos locales en múltiples subsidiarias y proporciona otras funciones de grado empresarial.

Sus automatizaciones aceleran tareas como las conciliaciones bancarias, mientras que sus herramientas de IA escanean facturas y detectan anomalías. La integración con Shopify requiere una aplicación de pago, disponible desde 199,92 $ al mes (168,60 €/mes aprox.), que sincroniza inventario, precios, productos, ventas y datos de cumplimiento entre NetSuite y tu tienda online.

Pros:

• Organización de gastos impulsada por IA.
• Informes avanzados.
• Integración de pago con Shopify.
• Aplicación móvil.
• Facturas e informes de gastos generados automáticamente.
• Ideal para empresas grandes con múltiples subsidiarias.

Contras:

• Precio elevado.
• Puede ser excesivo para pequeñas empresas.
• Precio no transparente (bajo solicitud).

Disponible para: aplicación web (en la nube).

Aplicación móvil: sí.

Precio: precio bajo solicitud.

Duración de la prueba gratuita: no especificada.

Aplicación o integración de Shopify: sí (de pago).

9. Striven

Striven es una plataforma empresarial integral que ofrece herramientas de RR. HH., gestión de relaciones con el cliente (CRM) y mucho más, incluyendo una solución de contabilidad en la nube que cubre lo esencial para gestionar las finanzas de una pequeña empresa.

Striven Cloud Accounting (en inglés) se integra con la gestión de nóminas y genera informes detallados. Las automatizaciones ayudan en la facturación, mientras que su IA asiste en la previsión de efectivo, el seguimiento de recibos y otras tareas.

Puedes integrar Striven con tu tienda Shopify a través de aplicaciones de terceros como Zapier (información en inglés). Además, ofrece soluciones específicas para sectores como la cadena de suministro, la construcción y el comercio electrónico.

Ten en cuenta que el precio de Striven es por usuario, por lo que los costes pueden escalar rápidamente si varias personas necesitan acceso al sistema.

Pros:

• Herramientas de IA.
• Integración con Shopify vía Zapier.
• Aplicación móvil.
• Facturas generadas automáticamente.
• Gestión de inventario.
• Escaneo de recibos.
• Soluciones específicas para diferentes sectores. 

Contras:

• El precio por usuario puede volverse costoso.
• Puede ser excesivo para empresas muy pequeñas.
• No hay estimaciones de impuestos trimestrales para España. 

Disponible para: aplicación web (en la nube).

Aplicación móvil: sí.

Precio: desde 35 $/mes por usuario (29,50 €/mes por usuario aprox.).

Duración de la prueba gratuita: no especificada.

Aplicación o integración de Shopify: sí (vía Zapier).

Cómo escoger el mejor programa de contabilidad para tu negocio

• Herramientas de IA
• Escaneo de recibos
• Escalabilidad y cantidad de usuarios admitidos
• Basado en la nube vs. de escritorio
• Atención al cliente
• Automatizaciones y facturación
• Integraciones con Shopify
• Funcionalidades adicionales

Hay mucho que considerar al decidir entre los mejores programas de contabilidad cuál es el más adecuado para tu negocio de ecommerce. 

¿Buscas una herramienta sencilla para automatizar tareas de contabilidad, como el registro de recibos? ¿O necesitas una plataforma más completa que genere informes de rendimiento, gestione el inventario, elabore estados de pérdidas y ganancias y te ayude con la gestión del flujo de caja?

Los siguientes puntos clave te ayudarán a centrarte en el programa de contabilidad para pequeñas empresas adecuado para ti. Antes de empezar, asegúrate de sentar las bases del éxito siguiendo pasos esenciales como abrir una cuenta bancaria para tu negocio y establecer un proceso para la recaudación de impuestos.

Herramientas de IA

La mayoría de los mejores programas de contabilidad ahora incluyen herramientas de IA; pueden hacer de todo, desde generar facturas e informes de gastos hasta gestionar documentos y, en algunos casos, detectar errores, ahorrándote un tiempo muy valioso. 

Escaneo de recibos

Registrar los recibos de gastos es esencial, pero requiere mucho tiempo. Por suerte, muchos programas de contabilidad ofrecen tecnología de escaneo de tickets para facilitar esta tarea.

“Puedes hacer una foto al recibo, [el software] lo lee por ti y lo categoriza automáticamente, en lugar de tener que hacerlo todo de forma manual como antes”, afirma el director de contabilidad de Shopify, Marc Dobbelsteen. “Ahorra muchísimo tiempo en la gestión administrativa”.

Si diriges un negocio con muchos gastos que registrar, busca un software que cuente con esta tecnología.

Escalabilidad y cantidad de usuarios admitidos

Si planeas hacer crecer tu negocio, es posible que con el tiempo necesites herramientas más complejas, como el cálculo de costes por proyecto o previsiones financieras avanzadas. 

Piensa en cuánto y a qué ritmo pretendes escalar, y considera si los programas de contabilidad elegidos ofrecen planes superiores que puedan facilitar ese crecimiento. De lo contrario, podrías tener que cambiar de plataforma más adelante, una transición costosa y que requiere mucho tiempo.

También deberás tener en cuenta el número de usuarios admitidos. Muchos programas de contabilidad restringen el número de usuarios en sus planes básicos. Esto puede no ser un problema si eres un profesional independiente, pero si planeas crecer e incorporar empleados o contables, ten en cuenta el coste de añadir usuarios al comparar los planes.

Basado en la nube vs. de escritorio

Hoy en día, casi todos los programas de contabilidad para pequeñas empresas están basados en la nube. Eso significa que tus datos están en internet en lugar de en tu ordenador. 

Los beneficios incluyen el acceso desde cualquier lugar, la posibilidad de compartir el trabajo con otros miembros del equipo y la integración fácil con plataformas como Shopify. Por lo general, pagarás una suscripción mensual o anual por el servicio. 

Los programas de contabilidad de escritorio, por otro lado, pueden presentar menores riesgos de seguridad y costar menos a largo plazo, ya que compras el software por adelantado y pagas solo por las actualizaciones periódicas en lugar de abonar tarifas de suscripción recurrentes.

Atención al cliente

Puede que en algún momento necesites ayuda con tus programas de contabilidad, especialmente al principio. Considera buscar una plataforma que ofrezca asistencia telefónica en lugar de limitarse al chat. Los planes de nivel superior también suelen incluir un soporte más especializado.

Automatizaciones y facturación

¿Cuántos tipos de gastos y pagos gestionas cada mes? Si procesas un gran volumen de transacciones financieras, las automatizaciones, como la categorización automática de recibos o la generación de informes de gastos, pueden ayudarte a agilizar todo el proceso contable. Opciones como Sage, por ejemplo, facilitan además la gestión del IVA y la presentación de modelos oficiales.

Estas ventajas también benefician a tu facturación: emitir facturas puede ser una tarea repetitiva y propensa a errores, pero muchos programas de contabilidad automatizan tanto su redacción como su envío. Si generas muchas facturas (por ejemplo, si eres autónomo o vendes al por mayor), elige un software que gestione esto de forma automática.

Integraciones con Shopify

Una integración perfecta con un programa de contabilidad para ecommerce elimina la necesidad de introducir datos manualmente. Si tienes una tienda Shopify, puedes conectarla directamente con programas de contabilidad como QuickBooks, Zoho Books o Xero.

Estas integraciones reducen el riesgo de errores humanos al importar los datos de ventas y transacciones directamente desde tu tienda.

Funcionalidades adicionales

Algunos programas de contabilidad ofrecen herramientas para gestionar aspectos no contables de tu negocio, como los recursos humanos o el inventario. 

Antes de elegir una, considera qué extras necesitas realmente: por ejemplo, es posible que ya gestiones el stock con tu propia plataforma de ecommerce, pero necesites un módulo de RR. HH. para administrar las nóminas.

Una contabilidad precisa se traduce en un mejor negocio

No hay dos negocios exactamente iguales, y una solución contable que funcione de maravilla para uno puede no encajar en absoluto con otro.

Aunque existe una gran similitud entre los programas de contabilidad para pequeñas empresas mencionados anteriormente, solo tú puedes decidir qué herramienta es la adecuada para tu caso particular. 

Algunos emprendedores considerarán que los informes avanzados son una función esencial, mientras que otros priorizarán la conciliación bancaria automatizada.

Antes de invertir en un nuevo sistema, aprovecha que muchos programas de contabilidad ofrecen una prueba gratuita para comprobar cuál se adapta mejor a tu día a día antes de tomar una decisión definitiva.